Apresenta duas regiões distintas: a planície litorânea e o planalto tabular. A primeira delas, ao norte, compreendendo toda a região litorânea, é formada por planícies de baixas altitudes marcadas por extensas praias, tabuleiros e baixadas alagadiças.

Ao nordeste do estado maranhense encontra-se uma interessante formação geológica de dunas e lagoas de água doce sobre uma área de 155 mil hectares, os Lençóis Maranhenses, também conhecida como deserto brasileiro. No centro-sul nota-se a predominância do relevo de planícies.

Com altitudes reduzidas e topografia regular, apresenta um relevo modesto, com cerca de 90% da superfície abaixo dos 300 metros.

Destacam-se em especial as grandes extensões de dunas e as baías de São Marcos e São José. Nesta região encontra-se uma das três ilhas-capitais do Brasil, a Ilha de São Luís (ou Upaon-Açu na língua tupinambá), onde estão localizados os municípios de São Luís (capital do estado), Raposa, São José de Ribamar e Paço do Lumiar.