É adquirida pela ingestão de oocistos procedentes de contaminação fecal.

Na luz do intestino delgado, os esporozoítas são liberados e vão invadir as células epiteliais da mucosa, onde se multiplicam abundantemente por esquizogonia.

Os esporoblastos segregam cada qual uma membrana resistente em torno de si, transformando-se em esporocistos.

Nos pacientes com AIDS, a infecção costuma ser aguda e, em geral, contínua.