Desde que oriunda de hortos oficiais de espécies medicinais, cooperativas, associações de produtores, extrativismo sustentável ou outros, com alvará ou licença de órgãos competente para tal, não há necessidade da matéria-prima vegetal ser processada de acordo com as boas práticas.

Os medicamentos fitoterápicos manipulados não poderão ser obtidos a partir de derivados da matéria-prima, mesmo que estes sejam processados de acordo com as boas práticas de fabricação.

A manipulação deverá respeitar a legislação vigente preconizada pela ANVISA. Os fitoterápicos deverão ser dispensados sob supervisão do farmacêutico, mediante receita dos prescritores.

Um medicamento fitoterápico apenas poderá ser manipulado se a fórmula constar na Farmacopeia Brasileira.

O serviço de manipulação de medicamentos fitoterápicos ainda não é ofertado aos usuários do SUS.