A manipulação de fórmulas magistrais, oficinais e parenterais na farmácia hospitalar têm por objetivo principal proporcionar medicamentos com segurança e qualidade, adaptados à necessidade da população atendida.

Possibilita o fracionamento e diluição dos medicamentos elaborados pela indústria farmacêutica, a fim de racionalizar sua utilização e distribuição.

Possibilita a preparação ou diluição de germicidas necessários para realização de antissepsia, limpeza, desinfecção e esterilização.

Os antibióticos, hormônios e citostáticos devem ser manipulados em salas exclusivas para cada um deles, que possuam pressão positiva em relação às áreas adjacentes, para evitar a contaminação cruzada.