A estabilização da matéria orgânica na lagoa facultativa processa-se em taxas mais lentas, implicando a necessidade de um elevado período de detenção, usualmente superior a 20 dias.

Na lagoa facultativa, a matéria orgânica dissolvida (DBO solúvel), conjuntamente com a matéria orgânica em suspensão de pequenas dimensões (DBO finamente particulada), não sedimenta, permanecendo dispersa na massa líquida.

As profundidades típicas de lagoas facultativas são da ordem de 0,8 a 1,2 m.

O oxigênio presente nas lagoas facultativas, utilizado na respiração aeróbia, é suprido ao meio pela fotossíntese realizada pelas algas.