Mesmo após a Proclamação da República, em 1889, as discussões acerca da criação da universidade no Brasil continuaram arrefecidas, dada à tradição de formação superior na Universidade de Coimbra.

Debates no sentido de criar uma universidade no Brasil surgiram no final do século 19. Rui Barbosa, em 1882, expôs o significado de uma universidade, por meio de um relatório, destacando que cabia às instituições particulares promover a educação de nível superior. 

No caso do Brasil, o ensino superior nasceu fragmentado em diferentes instituições e localidades, seguindo o modelo alemão. 

No período colonial, existiam apenas cursos superiores de filosofia e de teologia, oferecidos pelos jesuítas, uma vez que Portugal impedia o desenvolvimento do ensino desse nível em suas colônias, temendo que os estudos pudessem contribuir com os movimentos de independência. 

As famílias com poder aquisitivo e privilegiadas formavam seus filhos no Brasil Colônia, garantindo a formação acadêmica em nível superior dos quadros das elites brasileiras a partir do século 18.