O teste de imunodifusão consiste na identificação qualitativa de anticorpos anti-M e anti-H, frações antigênicas de H. capsulatum, que apresenta melhores resultados após 7 semanas da infecção. Apesar da alta sensibilidade do método, resultados falso-positivos podem ocorrer em pacientes com AIDS que apresentam a doença disseminada.

A detecção dos antígenos de H. capsulatum pode ser feita através do método de ELISA Indireto. Sendo bastante utilizada em pacientes com a forma aguda ou disseminada da doença, pois apresentam como vantagem o diagnóstico no início da doença, antes da soroconversão.

O diagnóstico feito por meio da cultura (ágar Sabouraud, ágar BHI, ágar batata dextrose, ágar lactrimel e ágar malte) e exame histopatológico são considerados padrão-ouro no diagnóstico da histoplasmose. A coloração de Gomori-Grocott (prata metenamina) é utilizada para a visualização das leveduras fagocitadas em mastócitos nos tecidos.

Em temperaturas específicas, H. capsulatum assume formas distintas em cultura: sob a temperatura ambiente assume característica macro morfológica de colônia branca de aspecto algodonoso e micro morfologicamente a forma de micélio constituído de hifas hialinas, septadas e ramificadas, presença de microconídios lisos, que é a forma infectante e macroconídios tuberculados.