Os trofozoítos são usualmente diagnosticados nas fezes diarreicas ou líquidas, enquanto que os cistos são encontrados mais comumente nas fezes formadas ou semiformadas.

Para a identificação de trofozoítos de protozoários e larvas de helmintos, a preparação deve ser corada com lugol.

Na conduta metodológica é importante a determinação da consistência do material fecal, principalmente em relação aos estágios de diagnóstico dos protozoários.

Método de Hoffman, Pons e Janer ou de Lutz é utilizado para a pesquisa de cistos, oocistos, ovos e larvas. Fundamenta-se na sedimentação espontânea em água, sendo indicado para recuperação de ovos considerados pesados.

O Método de Baermann-Moraes ou método de Rugai, Mattos e Brizola se fundamentam no termo hidrotropismo positivo de larvas de nematoides, como as larvas de S. stercoralis e de ancilostomídeos.