O exame micológico direto é útil no diagnóstico de infecção fúngica, entretanto os resultados falso negativo e falso positivo podem ocorrer.

A observação microscópica de hifas e leveduras normalmente requer um preparo da amostra que demora mais de 48 horas.

A detecção microscópica dos fungos não possibilita orientar o laboratório na seleção do meio mais adequado para a cultura.

O corante de Giemsa não deve ser utilizado no exame micológico direto, uma vez que esse corante destrói as estruturas das hifas.

Ao utilizar a coloração de Gram, os fungos se coloram tipicamente como Gram-negativos, podendo raramente ficar descorados ou corados como Gram-positivos.