A cidade de Edo, atualmente Tóquio, tornou-se a capital do Japão em 1603. Sua população chegou a um milhão de habitantes ao redor de 1800, fazendo de Edo a maior cidade do mundo. Era uma cidade próspera, tanto do ponto de vista econômico como cultural, embora não dispusesse das tecnologias mais modernas da época. A razão desse sucesso pode ser, em parte, atribuída a movimentos de nutrientes entre o mar, a cidade e as áreas agrícolas, mediados pela ação humana. A baía de Edo recebia grandes quantidades de nutrientes provenientes dos rios que desciam das montanhas e das águas usadas pela população urbana. Entretanto, pescadores e agricultores contribuíram para que as águas da baía não se tornassem eutrofizadas. Os primeiros, ao trazerem peixe fresco, algas e outros produtos marinhos para a população de Edo, eficientemente deslocavam, contra a gravidade, materiais de volta para as partes altas da região. Os agricultores coletavam regularmente os excrementos da população urbana e os transportavam, também contra a gravidade, para as terras onde praticavam a agricultura. Embora o potencial dos excrementos humanos como fertilizante tivesse sido reconhecido ocasionalmente pelos agricultores japoneses na Idade Média, seu uso sistemático começou durante a era Edo. De fato, a população fazia contratos com os agricultores para que estes retirassem regularmente o material acumulado nas latrinas e o levassem para as montanhas e terraços. Como pagamento, recebia vegetais frescos, grãos ou dinheiro. Essa troca desempenhou papel fundamental tanto na higienização da maior cidade do mundo, mesmo sem sistema de coleta e tratamento de esgotos, como no enriquecimento dos solos suburbanos, que não tinham fertilidade significativa antes da era Edo.