A cadeia trófica é afetada pela presença de energia livre no meio, que é utilizada pelas bactérias microbianas para a síntese de húmus ao nível da serapilheria.

A vulnerabilidade dos organismos vegetais à infestação de pragas e doenças aumenta pela presença de energia livre no meio, pois nessas condições, as pragas e fitopatógenos buscam a proteína vegetal para a síntese microbiana.

O excesso de aminoácidos livres e açúcares redutores no sistema metabólico das plantas torna-as vulnerável à infestação de pragas e doenças.

As plantas se imunizam contra pragas e doenças quando o solo é rico em aminoácidos livres e energia, pois o sistema metabólico das plantas se torna eminentemente catabólico, repelindo organismos predadores.

Todo organismo vegetal tem um lugar na cadeia trófica. O adequado controle preventivo dos predadores da planta, por exemplo com inimigos naturais, previne a infestação de pragas e doenças.