A presença de auto-PEEP pode ser corrigida pela utilização de tubos endotraqueais menores, que aumentam a resistência inspiratória e corrigem a obstrução expiratória. 

Deve-se ter cautela ao utilizar PEEP/CPAP para superar a auto-PEEP, uma vez que o excesso de PEEP/CPAP pode provocar maior hiperinsuflação e comprometer a hemodinâmica e o intercâmbio gasoso. 

Na presença de auto-PEEP, o paciente gera um gradiente de pressão menor do que o normal para iniciar um fluxo espontâneo, ou para disparar o ventilador, provocando aumento do trabalho respiratório e assincronia paciente-ventilador. 

 A abordagem mais utilizada para reduzir a auto-PEEP consiste na modificação do padrão ventilatório, através de estratégias que permitam a redução do tempo expiratório prolongado, verificado durante a auto-PEEP.