Não há nenhuma diferença, sendo que eles são a mesma tecnologia produzida por empresas distintas.

Microprocessadores são menores que microcontroladores.

Microcontroladores permitem a entrada de cabos usb enquanto microprocessadores não.

Microprocessadores requerem componentes externos para funcionar, enquanto microcontroladores combinam seus componentes em um único chip.

Microcontroladores são carregados a baterias enquanto microprocessadores apenas podem ser carregados diretamente na tomada.