As ordens religiosas instaladas na colônia contaram com a criação de aldeamentos, sob o comando da Igreja Católica, que além de catequisar colonos e nativos, realizavam tarefas agrícolas utilizando amplamente a mão de obra escrava indígena. 

A ação expansionista de evangelização ganhou bases sólidas a partir do século XVII com a implantação da ação dos jesuítas na colônia e com a criação da redízima, imposto que deu suporte financeiro para sustentar as ações da Companhia de Jesus.

O trabalho de evangelização contou com o combate de alguns costumes dos nativos, realizando um processo de aculturação das populações indígenas que contribuiu na obra colonizadora. 

A aliança entre as ordens dos jesuítas portugueses e os colonos geraram grandes transformações no povoamento da colônia, com a criação de importantes aldeamentos, como no caso da fundação dos Sete Povos das Missões, no decorrer do século XVI.

Através da fundação das missões, os padres jesuítas ajudaram a povoar a colônia na região litorânea, sendo responsáveis pelo poder espiritual e por realizar atividades pedagógicas e religiosas, sendo sustentado, apenas, pela Coroa portuguesa.