Independentemente da fonte de origem dos valores que compõem o Fundo, todo o recurso gerado é redistribuído para aplicação exclusiva na manutenção e no desenvolvimento da educação básica pública, bem como na valorização dos profissionais da educação, incluída sua condigna remuneração.

Além das fontes de receita de impostos e de transferências constitucionais dos Estados, Distrito Federal e Municípios, integram a composição do Fundeb os recursos provenientes da União a título de complementação aos entes federados que não atingiram o valor mínimo por aluno/ano definido nacionalmente ou que efetivaram as condicionalidades de melhoria de gestão e alcançaram a evolução dos indicadores a serem definidos sobre atendimento e melhoria de aprendizagem com a redução das desigualdades.

Os recursos procedentes do Fundeb são distribuídos mediante prévia e necessária autorização ou convênio específico autorizado pelo Poder Legislativo para esse fim, mediante crédito na conta específica de cada governo estadual e municipal.

Na distribuição dos recursos será observado o número de matrículas nas escolas públicas e conveniadas apuradas no último Censo Escolar realizado pelo Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais (Inep/MEC).